Le antichissime origini della città, originariamente Fundi, si perdono nel mito; la leggenda racconta di come il sito fu fondato da Ercole per ricordare l’uccisione di Caco, personaggio della mitologia romana legato al fuoco.

In età preromana l’area era abitata dagli Aurunci e in seguito dai Volsci. Nonostante manchino solide fonti storiche, sembra che la città si sia arresa ai romani e nel 388 a.C. le fu riconosciuto il diritto di cittadinanza minore e, solo nel 188, la piena cittadinanza.

Ubicata lungo il percorso della Via Appia, Fondi beneficiò dei vantaggi commerciali ed economici legati alla sua favorevole posizione. Le successive invasioni, longobarde prima e saracene poi, minarono gravemente la floridezza del luogo.

Fu solo grazie a papa Giovanni VIII, che con la battaglia navale del Circeo dell’877 liberò l’area dagli invasori. La città fu teatro della celebre avventura del tentato rapimento di Giulia Gonzaga, la cui fama e prodigiosa bellezza attirò il Barbarossa, il quale nel 1534 tentò di rapire la nobildonna per farne dono al sultano Solimano II.

La donna riuscì tuttavia a scappare e il celebre predatore sfogò la sua ira su Fondi, mettendola a fuoco e fiamme.

Nel 1594 numerose altre incursioni di pirati turchi misero a dura prova la stabilità della città e dal 1720 Fondi entrò definitivamente in un periodo di decadenza, causato anche dalla malaria sviluppatasi nelle aree paludose della pianura e dalla crescente diffusione del brigantaggio durante l’occupazione francese.

Il nucleo antico ha mantenuto l’originaria pianta rettangolare incentrata sulla Via Appia, divisa da decumani e cardini secondo lo schema classico dell’accampamento romano.

Nei pressi del duomo sarebbe da identificarsi il luogo dell’antico Foro.

Inoltrandosi nel nucleo medievale, in via S. Angelo si trova la casa natale di Michele Pezza, altrimenti conosciuto come Fra Diavolo, e si può visitare il castello medievale.