Si lascia il santuario passando alle sue spalle rifacendo il percorso della precedente tappa per 500m. Al primo bivio si devia sulla dx in salita. Si passa davanti alla cava e si continua a salire fino ad intercettare una mulattiera (dopo 700m) scavata nella roccia a destra.

Questa sale a zig zag raggiungendo un primo pianoro caratterizzato da una casa rurale semidiroccata. Questo ultimo tratto viene individuato anche da omini di pietre. Tenendosi sulla sx del pianoro (considerando la traiettoria di arrivo) si intercetta un tratturello molto scavato che porta a una carrareccia soprastante. Si prosegue su questa a dx fino ad incontrare delle piccole masserie (si passa attraverso staccionate di legno abusive) e, immediatamente dopo si sale su una stradina asfaltata in salita che sbocca sulla provinciale San Marco – Sannicandro (SP48) Si attraversa la strada e si imbocca una lunga carrareccia. Giunti ad un cancelletto di legno si svolta a dx iniziando una lebile mulattiera che corre sempre sulla cresta situata sopra il vallone di Stignano (in basso a dx). Si arriva ad un ampio tratturo che passa in mezzo ad una pineta di rimboschimento e, giunti alla piscina Treppiedi (abbeveratoio per animali), si devia sulla dx sul sentiero che scende della Fajarama che porta al convento di San Matteo. Lasciato il convento si sale a sx per l’ampio parcheggio brecciato che, sul fondo, ha un cancelletto verde sempre aperto. Passati oltre si procede per un sentiero che dopo 700m porta sulla strada asfaltata San Marco -Cagnano (SP22). La si attraversa in corrispondenza di un grosso spiazzo da pic-nic. Prima di entrare in questo, immediatamente a sx, quasi sulla strada attraversata, inizia una mulattiera che sale e raggiunge dopo 1.5 km un’ampia carrareccia che sale fino ad un grande complesso di ripetitori tv che, in fondo alla seguente discesa, intercetta un sentiero delimitato da massi che sale fino a Coppa L’Arena (939m). Da qui si segue il sentiero in discesa fino a raggiungere il Convento delle Clarisse prima e il centro abitato di San Giovanni poi, proprio all’altezza del complesso santuario dedicato a Padre Pio.